Gli obiettivi sono il recupero di Sokolov, la distruzione della nuova arma Shagohod e l'eliminazione di The Boss, che ha disertato nell'Unione Sovietica.

L'onere della missione ricade nuovamente sull'Unità FOX, che deve cosi riparare al fallimento della Missione Virtuosa. Naked Snake inizia la sua infiltrazione in territorio sovietico lanciandosi da alta quota a bordo di un Drone.

Sullo sfondo di questa missione ci sono le trattative segrete tra America e Unione Sovietica.

Quando l'impianto di progettazione segreto OKB-754 viene colpito con un attacco nucleare, il governo sovietico incolpa l'America in seguito al rilevamento dell'intrusione di un aereo da trasporto Combat Talon nello spazio aereo sovietico.

L'aereo funge da quartier generale aereo dell'unità FOX durante la Missione Virtuosa. La bomba usata è la testata "Davy Crockett" di progettazione americana.

Gli ufficiali americani sostengono che l'azione sia frutto del tradimento di The Boss, che ha disertato. L'Unione Sovietica chiede allora al governo americano di eliminare The Boss per dimostrare la propria innocenza.

Se non lo fa, l'Unione Sovietica minaccia di passare dalla Guerra fredda al combattimento attivo. Per impedire una Terza guerra mondiale, L'America è costretta a sacrificare The Boss.

Il governo sovietico guidato da Krusciov promette di fornire appoggio all'operazione inviando ADAM, ex spia dell'NSA per il KGB. Il governo riferisce a Naked Snake le azioni del colonnello Volgin del GRU (al comando di Breznev) che ha rapito Sokolov.

 

Con l'Operazione Snake Eater, in realtà il governo americano mira a recuperare l'Eredità dei Filosofi che è sotto il controllo del colonnello Volgin. Durante la Missione Virtuosa del 1964, gli USA simulano la diserzione di The Boss per farle stabilire un contatto con Volgin, nella speranza di procurarsi l'Eredità dei Filosofi. Ne segue un imbroglio politico che vede The Boss costretta a rimetterci la vita.

The Boss è disposta a morire per mano dell'agente del governo statunitense Naked Snake. L'Operazione Snake Eater si risolve nel baratto della vita di The Boss per il condono politico dell'America e l'acquisizione di un'enorme quantità di capitali. Naked Snake riesce a recuperare l'Eredità dei Filosofi, ma il direttore della CIA informa il governo che la missione è fallita e si tiene i capitali per sè.