Iniziata il 24 agosto 1964, è la prima operazione di combattimento effettivo per l’unità FOX delle forze speciali e da essa dipende la sua esistenza. Gli obiettivi di questa missione di infiltrazione solitaria a Tselinoyarsk, tra le montagne sovietiche, sono recuperare Sokolov, uno scienziato che lavora alla creazione della nuova arma Shagohod, e portarlo in salvo in Occidente.
L’agente di FOX Naked Snake entra nell’Unione Sovietica mediante il primo salto HALO della storia, poi inizia l’infiltrazione solitaria. Stabilito il contatto con il prigioniero Sokolov, i due fuggono, ma Naked Snake viene ferito dal colonnello Volgin del GRU e The Boss, che ha disertato dall’America nell’Unione Sovietica, mentre Sokolov viene catturato di nuovo e successivamente imprigionato dal GRU.
Ferito gravemente, Naked Snake viene riportato in America mediante il Sistema di recupero Fulton. Il colonnello Volgin usa le testate nucleari Davy Crockett. consegnategli da The Boss per distruggere l’impianto di progettazione segreto OKB-754, incastrando così The Boss per il bombardamento.