Dopo aver evitato le guardie all'interno, Snake arriva fino al pod, con cui discute dell'ultima missione di The Boss, quella della sua fine.  Poco dopo Snake scopre di essere stato ingannato: si solleva la copertura attorno al pod e si trova circondato da soldati, con Strangelove e Coldman presenti. Coldman rivela d'esser stato partecipe dell'operazione Snake Eater, facendo anche proseliti sul suo obiettivo di deterrenza e sulla necessità di avere il Peace Walker. Dopo aver tentato un combattimento in CQC contro un soverchiante numero di nemici, Snake viene finalmente fermato con enorme difficoltà e con numerose perdite. Strangelove tortura Snake per ottenere le risposte che vuole su The Boss, ma non ottiene nulla, se non rabbia e provocazioni. Dopo aver resistito ed essersi riposato un po', Snake fugge dalle prigioni senza particolari problemi; Kaz riesce a raggiungerlo alla radio, provando sollievo nel sentire Snake ancora vivo. Kaz dice che non riesce a trovare Paz e che anche il professore è sparito, così ha cercato nell'università frequentata dai due, venendo a sapere che non si fanno vedere lì da parecchio tempo; inoltre Coldman era a conoscenza degli MSF, sapeva di Paz e del "professore" che sicuramente ha informato Il Lupo della situazione. Dopo aver cercato un po' nella base, Snake trova Coldman, Strangelove e Paz come ostaggi. Strangelove lo ringrazia, poiché il silenzio era la risposta che cercava, permettendo all'IA di The Boss d'essere completata ed installata nel Peace Walker; Coldman rivela che il primo bersaglio dell’attacco nucleare sarà la base degli MSF. Snake si ritrova quindi di nuovo nella cava a dover fermare il Peace Walker dall'annientare i suoi commilitoni. Non appena Snake spara una raffica, il Peace Walker lo punta: Huey gli spiega che quando il Peace Walker, o meglio la sua IA, avverte un pericolo che potrebbe impedirgli di raggiungere l'obiettivo, abortisce tutti i comandi e le azioni e si concentra sul nuovo bersaglio, entrando nella modalità di autodifesa.

Dopo una lunghissima battaglia, Snake riesce ad avere incredibilmente la meglio. Ma il Peace Walker è solo danneggiato parzialmente: si alza e punta Snake; un elicottero però arriva e spara al Peace Walker. Sfruttando il fatto d'essere una minaccia più grande e pericolosa di Snake, Coldman, a bordo dell'elicottero, si fa inseguire dal Peace Walker verso la sua base operativa. Dopo un lungo inseguimento a cavallo, Il Peace Walker riesce a fuggire sconfinando in Nicaragua; Kaz dice a Snake via radio che Coldman ha scoperto che il professore è del KGB, confermando l’ipotesi fatta nella chiacchierata dopo la fuga dalla prigione, affermando che probabilmente vuole sapere da Paz, molto vicina a Galvez, come Il Lupo intenda fermare il loro intento, anche se sicuramente Paz non saprà nulla di tutto ciò.

La posizione di Coldman, del Peace Walker e di Paz viene tracciata in Nicaragua, dove Chico farà da guida a Snake fino al raggiungimento della base. In prossimità dell’obiettivo si nota però il cancello pesantemente sorvegliato; Snake si nasconde dentro una scatola di cartone, all'interno di un camion di rifornimenti, riuscendo ad entrare nella base senza essere notato. Non appena all'interno, Kaz via radio gli spiega che il Peace Walker attaccherà dalla pista d'atterraggio, ma il suo obiettivo sarà la torre di controllo. All'interno della base guardie russe pattugliano la zona, facendo sorgere domande a Snake e Kaz sul perché dei russi proteggano una base americana. All'interno della torre, Snake scorge Paz da una telecamera di sorveglianza, dicendole che si sta risolvendo tutto: non appena detto ciò, viene scoperto e lanciato l'allarme generale alla base. Kaz sorprende Snake dicendo che alla Mother Base non sono rimasti altro che degli inganni elettronici gestiti da Huey, mentre l'intera forza degli MSF si dirige con flotta ed elicotteri verso la base americana per dargli man forte. Dopo un combattimento lungo ed estenuante attraverso l'intera base, Snake riesce a raggiungere la sala di controllo, dove viene circondato.

Qui Coldman rivela che il Peace Walker, essendo un'arma di rappresaglia, non è capace d'iniziare un attacco: la semplice soluzione prevede l'immissione di falsi dati nel Peace Walker per fargli credere d'essere sotto attacco; manipolando i dati, la base degli MSF diverrà il bersaglio del Peace Walker. Coldman s'appresta ad inserire i codici d'attivazione, ma Galvez irrompe sulla scena, mostrando chiari segni di complicità con Coldman. I soldati puntano le armi su Coldman, che dice al professore d'essere un traditore; Galvez risponde che sono stati dei nemici tutto il tempo, facendo credere quindi che lui ed i suoi fossero dei separatisti passati sotto la CIA. Il professore rivela inoltre che il bersaglio dell'attacco sarà Cuba: un alleato della Russia, attaccato nuclearmente da una base americana, da testate americane, in una nazione filoamericana. Il piano del Cremlino quindi era di screditare a livello mondiale gli Stati Uniti e far attecchire radici al comunismo in tutto il Centro e Sud America, inondando il mondo con un sentimento antiamericano. Il professore quindi intima a Paz di sparare a Coldman: rivela che il suo vero nome è Vladimir Zadornov, spiegando che Vladimir significa “governatore della pace”. Zadornov provoca Paz per farle sparare il colpo, ma lei non riesce. Egli quindi spara al posto suo, cercando poi d'obbligare Coldman ad inserire il codice d'attivazione; continua parlando a Snake, dicendo che gli serviva che lui trasformasse i sandinisti in una vera e propria forza da guerra per eliminare il regime filoamericano dal Nicaragua, avendo quindi manipolato Amanda ed i suoi compagni, oltre che lui, affermando che la fine di Snake sarà vista come la stessa di Ernesto "Che" Guevara, morto per mano degli Stati Uniti poiché a loro scomodo, diventando quindi una leggenda. Ma non appena Zadornov si accinge a sparare, irrompono sulla scena gli MSF ed i sandinisti che fanno strage, liberando Snake e Paz e catturando Zadornov. Questi ultimi due, a bordo d'un elicottero con Kaz, iniziano a dirigersi alla Mother Base, mentre Snake viene accompagnato da Strangelove al Peace Walker per bloccare il lancio. Sull'elicottero Coldman sorprende tutti attivando il Peace Walker e facendo iniziare l'attacco, spiegando che i dati possono essere inviati anche a terzi e dicendo che al NORAD avranno gli incubi. Egli afferma che proverà così l'utilità del Peace Walker, dicendo che al NORAD non contrattaccheranno mai. Al NORAD non sanno che i dati che vedranno saranno falsi, credendo quindi che l'Unione Sovietica stia davvero attaccando. Snake dice a Kaz di rintracciare colui che, nella catena di comando, possa ordinare la rappresaglia per spiegare la situazione e convincere a non attaccare, poiché il presidente ed il suo vice sono impegnati nei negoziati SALT II a Vladivostok. Nel frattempo a Snake non resta altra opzione che distruggere il Peace Walker.

continua...