Il gioco non lesina certo in quanto a contenuti extra tra di essi vi sono:

Stage Select Mode: Terminata la storia si può rigiocare sia a livello normale sia in modalità speciale ogni singolo stage per ottenere diversi punteggi.

Nella modalità speciale i livelli vanno affrontati seguendo specifiche direttive, pena il fallimento della missione stessa.

Non mancano l’ironia e i momenti folli in alcuni di essi mentre il livello di sfida si innalza inesorabilmente.

VR Mission: Le celebri missioni di allenamento virtuale che ebbero un’espansione dedicata (MGS: Special Mission) ritornano in pompa magna anche in Ghost Babel con i primi livelli tratti proprio da MGS.

180 missioni divise tra Snaking e con armi varie.

Vs Mode: Richiede un cavo Link e due cartucce di gioco per far impersonare ai due partecipanti Snake Rosso/Blu in diverse sfide in quelle che sono modalità come Capture the Flag o Battle.

Sound Mode: Modalità in cui si possono ascoltare sia i midi che compongono la colonna sonora sia gli effetti sonori.