FOX è una divisione di servizi speciali istituita dalla CIA negli anni '60. Proposta da Major Zero, che ha lavorato nel SAS, è un reparto per missioni segrete e ricopre ruoli di intelligence e di forze speciali. Gli agenti sono assistiti nelle missioni di infiltrazione da dispositivi speciali sviluppati in proprio, come il sonar attivo, il sistema d'intercettazione di movimenti, il sensore antiuomo e la mimetica ottica. FOX esegue principalmente missioni di infiltrazione in cui un solo soldato entra nel luogo prestabilito, mentre gli altri forniscono supporto a distanza. Cosa insolita per l'epoca, FOX recluta donne nel core team, probabilmente perchè Major Zero è solito selezionare i membri per la loro personalità e il loro talento. Nella CIA molti mettono in ridicolo l'organizzazione, considerandola un gruppo di strampalati.

 

FOX esegue la Missione Virtuosa e l'Operazione Snake Eater nel 1964, quando l'agente Naked Snake riesce a penetrare in territorio sovietico da solo. La squadra di supporto a distanza è formata da Sigint, Para-Medic e Major Zero.

 

Nel 1970, Gene, Cunningham, Python, Null, Elisa e Ursula disertano sulla penisola di San Hieronymo. Usando il Metal Gear RAXA e un Metal Gear balistico, tentano di attaccare l'Unione Sovietica, ma vengono fermati da Naked Snake. Il direttore della CIA viene assassinato nello stesso anno e questo porta allo scioglimento di FOX.