La massima autorità mondiale nel campo della Terapia genica ed ex ufficiale medico capo dell'unità FOXHOUND. E' un'appaltatrice civile inviata dall'ATGC per sovrintendere alla terapia genica per i membri della FOXHOUND e per i Soldati Genomici. E' anche un'esperta di tecnologia delle Nanomacchine ed era incaricata del monitoraggio dei segni vitali di Solid Snake durante l'Incidente di Shadow Moses nel 2005. Oltre alla ricerca genetica, coltiva rose blu.
Naomi ha inventato una tecnica chiamata bersagliamento genico e l'ha usata per crare il virus assassino FOXDIE, su richiesta della DIA. Quando inietta peptidi antigelo a Solid Snake, inietta anche il FOXDIE. La CIA le ordina di usare Snake come vettore per FOXDIE. I bersagli sono i due ostaggi su Shadow Moses, il capo di DARPA e il presidente di ArmsTech, oltre ai membri dell'unità FOXHOUND.
Sostiene che il padre è stato un agente dell'FBI sotto J. Edgar Hoover, tuttavia mente. In realtà Noami è un'orfana della Rhodesia, salvata da Gray Fox sotto lo pseudonimo di Frank Hunter. Big Boss ha aiutato lei e Gray Fox a emigrare in America e i due hanno vissuto insieme come fratello e sorella fino a quando ha iniziato l'università. Nutre risentimento contro Solid Snake per la morte di Gray Fox e in segreto vuole programmare FOXDIE contro Snake. Tuttavia il suo piano viene scoperto e Naomi viene arrestata nel mezzo della missione di Shadow Moses, con l'accusa di tradimento, e tradotta in un carcere federale. Dopo l'incidente di Shadow Moses, emerge che dopotutto Snake non è un bersaglio per il virus FOXDIE.
Liquid Ocelot organizza l'evasione di Naomi, che successivamente entra a far parte della lista dei massimi terroristi internazionali ricercati dalla CIA. Ocelot la tiene prigioniera mentre la costringe ad analizzare il Sistema Sons of the Patriots e a trovare una via di accesso.
Quando viene salvata da Solid Snake in Sud America, lo mette al corrente della verità riguardo i cambiamenti nel suo corpo. Il virus FOXDIE nell'organismo di Snake era mutato e avrebbe colpito l'intera umanità, trasformando Snake in un'arma ambulante di distruzione di massa. Sul Nomad, Naomi incontra Sunny. Entrambe orfane, le due donne si legano, e come scienziata, capisce anche il senso di solitudine provato da Hal Emmerich. Prima di lasciare Snake, Naomi consegna a Sunny un programma incompleto per computer.
Naomi ha affidato a Sunny il compito di portare a termine FOXALIVE. Quando, a Shadow Moses, Sunny la informa di esserci riuscita, Naomi decide di farla finita. La ricerca genetica l'ha esposta ad alte dosi di radiazioni e sa che non le rimane molto tempo da vivere. Inietta dunque a se stessa e a Vamp inibitori di nanomacchine e queste ultime, che li hanno tenuti entrambi in vita, smettono di funzionare.
Solid Snake e i compagni assaltano Outer Haven per trasferire FOXALIVE in GW. Il programma di Naomi non distrugge solo GW ma anche JD, la principale IA neurale dei Patriots. Un video programmato da Noami per attivarsi dopo la distruzione della rete di IA dei Patriots appare davanti a uno sbalordito Otacon. L'obiettivo di Naomi era scontare i propri peccati commessi durante la ricerca. La rete dei Patriots usava il programma di bersagliamento genetico di FOXDIE e Naomi si sentiva in parte responsabile per la loro morsa sempre più stretta sul mondo. Il messaggio di Noami, in cui ringrazia Hal per averle ridato la gioia di vivere, termina e si cancella automaticamente.