Ex ricercatore della ArmsTech e capo sviluppatore del progetto Metal Gear. Insieme a Solid Snake fonda l'ONG anti-Metal Gear "Philanthropy" e, successivamente, si batte nella lotta contro i Patriots. Soprannominato "Otacon". Appassionato di cartoni animati giapponesi e assiduo frequentatore dell'annuale "Otaku Convention" americana, ha adottato il soprannome dell'evento come proprio. Dopo essere scappato di casa a causa di litigi familiari, abbandona la scuola e, studiando da autodidatta su Internet, ottiene un posto nell'Istituto di Tecnologia del Massachusetts, dove si laurea in giovane età. In seguito consegue ulteriori lauree e master all'Università di Princeto.
Reclutato fall'FBI quand'era ancora studente, entra nell'ERF (Engineering Research Facility), ma essendo stato scoperto a monitorare e violare il database centrale, viene espulso dall'FBI e assunto dalla ArmsTech. Alla ArmsTech, Emmerich sviluppa una serie di nuove tecnologie, tra cui la mimetica ottica, adottata ufficialmente dall'esercito americano. In seguito, dedica ogni sua energia al progetto Metal Gear: la sua passione per i cartoni animati di robot lo porta a sognare l'utilizzo di robot bipedi nella vita di tutti i giorni, arrivando a concretizzarsi nel Metal Gear. Finanziato da DARPA, il Metal Gear viene sviluppato come progetto top secret. Emmerich continua a credere che il Metal Gear sia sviluppato come TMD (Theater Missile Defense), un sistema difensivo mobile contro missili a medio raggio.
Da generazioni, la famiglia Emmerich è legata alla tragica storia della guerra nucleare.
Suo nonno collabora al Progetto Manhattan che per primo sviluppa la bomba atomica. Negli anni '60, riceve da Granin, uno scienziato russo, i progetti per il Metal Gear, un carro armato bipede ambulante dotato di armi nucleari.
Suo padre nasce il 6 agosto 1945, lo stesso giorno in cui viene sganciata la bomba atomica su Hiroshima. Dopo aver cresciuto Hal, si risposa e adotta la figlia della consorte, Emma Emmerich. Incapace di accettare la relazione tra suo figlio Hal e la nuova moglie, decide di affogarsi nella piscina di casa insieme a Emma: Emma sopravvive, ma il padre Hal riesce nel suo intendo suicida.
Durante l'incidente di Shadow Moses, nel 2005, Hal Emmerich incontra Solid Snake. Bloccato nel complesso ormai sotto il controllo di Liquid Snake, Emmerich si nasconde nel laboratorio, terrorizzato dalla furia del Ninja cyborg. In seguito, dopo che Snake sconfigge il Ninja cyborg, Emmerich gli chiede: "Sei anche tu un otaku?". Snake spiega a Emmerich come il Metal Gear REX sia equipaggiato con testate nucleari. Per Emmerich, che ha sempre sognato robot destinati a mantenere la pace, è una notizia scioccante, che lo convince ad aiutare Snake nella distruzione del Metal Gear: indossata la sua mimetica ottica, Emmerich offre a Snake tutto l'aiuto possibile.
Nonostante le suppliche di Emmerich, Wolf, una donna il cui unico conforto della solitudine sta nell'accudire i cani-lupo dell'isola, decide di battersi con Solid Snake e muore nello scontro. Avendo perso i propri sogni e il suo amore, Emmerich decide di lasciarsi Shadow Moses alle spalle.
In seguito, Emmerich e Solid Snake fondano l'ONG anti-Metal Gear "Philanthropy". Nel 2007, dopo aver ricevuto una e-mail da "EE", Emmerich viola alcuni file del Pentagono e scopre che la Marina sta trasportando una nuova arma anti-Metal Gear, il Metal Gear RAY, nascosto a bordo di un tanker. Snake si reca sul luogo per scoprire la verità, con l'incarico di fotografare il Metal Gear RAY affinchè Emmerich possa pubblicarne le prove su Internet.
Tuttavia, Revolver Ocelot affonda il tanker e ruba il Metal Gear RAY. Sebbene Emmerich riesca a salvare Snake dalla nave, Philanthropy e Solid Snake vengono accusati dell'incidente.
Accusata dell'affondamento del tanker, Philanthropy è costretta alla clandestinità.
Nel 2009, grazie all'aiuto di Emmerich, Snake si infiltra sulla piattaforma Big Shell con lo pseudonimo di "Iroquois Pliskin"; qui Emmerich rincontra la sorellastra minore, Emma.
Emma prova un profondo risentimento verso il fratello.
Quando, all'età di 6 anni, Emma e suo padre stavano affogando nella piscina, Hal non venne a salvarli, e lei non lo hai mai perdonato per questo. Ma l'intensità del suo odio nasconde un profondo amore per Hal.
Quando Emma viene ferita a morte da Vamp, confessa i suoi veri sentimenti a Hal, il quale, però, non sa cosa rispondere: durante il suicidio in piscina, infatti, Hal era insieme alla madre di Emma.
Hal prova un profondo senso di colpa per aver ceduto alla tentazione e per la morte della sorella.
Nel 2009, dopo l'assalto a Big Shell, Philanthropy cessa le proprie attività ed Emmerich si impegna nella sua attività anti-Patriots, al fianco di Snake.
In seguito, Emmerich si prende cura della figlia di Olga, Sunny, liberata dalle mani dei Patriots durante l'infiltrazione di Raiden, e ne fa un'abile programmatrice e hacker.
Successivamente, Sunny contribuisce al lavoro di snake sviluppando il terminale mobile remoto Metal Gear MK. II, la mimetica OctoCamo, il visore multifunzione Solid Eye e altre attrezzature.