La IA suprema che opera come direttore della rete di IA che costituisce i Patriots. Il nome "John Doe" è usato tradizionalmente per le salme di vittime di sesso maschile che non è possibile identificare. JD è a capo di altre 4 IA: GW, TJ, AL e TR. Con lo scoppio dell'incidente alla Big Shell, la GW di Arsenal Gear viene abbandonata mentre le altre 4 IA continuano a controllare le informazioni economiche, politiche, legali, sociali e culturali dell'intero pianeta.