ATTO 0 - CIMITERO
- Quando Snake fa il saluto militare alla tomba di Big Boss
- Più avanti nella stessa cutscene dopo che Snake dice "...e c'è di mezzo il FOXDIE"
- Il terzo flashback presente in questo video è quando Snake e Otacon menzionano Naomi, poco prima di salire sull'elicottero
- L'ultimo fb invece è quando l'elicottero decolla e Otacon dice "Lo abbiamo trovato" (riferendosi a Liquid Ocelot)

ATTO 1
- Pochi secondi dopo aver incontrato l'MkII, quando Snake dice "Metal Gear?" e Otacon risponde: "Già, proprio come il REX"
- Quando incontri la Rat Patrol e Snake dice "Hai la sicura, pivello" ad Akiba
- Sempre nello stesso video, dopo che Meryl si leva la maschera
- Infine l'ultimo fb di questa cutscene è dopo Circa 3 minuti e 40 secondi dall'inizio della stessa, quando Akiba è in ginocchio per il mal di pancia e Snake dice "Che problema hai? Stai bene?"
- A circa 1 minuto e 15 secondi dall'inizio del video in cui incontri Liquid Ocelot per la prima volta ed il suo nome appare su schermo
- Nello stesso video, quando Naomi si avvicina ad uno Snake a malapena cosciente e si inietta una siringa a circa 7 minuti dall'inizio della cutscene.

 

ATTO 2 - MISSION BRIEFING
- A circa 2 minuti e 30 secondi Otacon dice "Non ti preoccupare. Loro stanno bene" riferendosi a Meryl e la sua squadra
- Meno di un minuto dopo il flashback precedente, quando Otacon dice "Ad alcuni tizi delle CMP si è fermato il cuore."
- Circa 3 minuti dopo, mentre Snake e Otacon stanno vedendo un video di Naomi in cui lei dice a proposito del FOXDIE: "Nove anni fa, a Shadow Moses, te l'ho iniettato nel corpo"
- Dopo circa un minuto dal flashback precedente, quando Otacon e Snake stanno controllando i dati del Radar Soliton usato a Shadow Moses e Otacon dice "Immagino che Naomi volesse dirci che il messaggio è stato inviato proprio da lei"
- L'ultimo flashback del briefing è a pochissimi secondi di distanza dal precedente, quando Otacon dice: "Ci siamo fatti aiutare dalle Hawaii da Mei Ling"

ATTO 2
- Mentre Snake sta strisciando e dice "Tutto quello che Solidus temeva cinque anni fa si è avverato" ad un minuto dall'inizio del primo video dell'Atto 2
- Nella stessa cutscene, quando Vamp viene inquadrato per la prima volta ed il suo nome appare su schermo
- Durante il video in cui Drebin ti racconta di tutte e 4 le B&B mostrandoti le loro foto. NB: Attenzione ai flashback multipli/consecutivi
- Meno di un minuto dopo il flashback precedente quando Snake dice: "Octopus, Raven, Wolf e Mantis..."
- L'ultimo flashback di questa cutscene, quando Drebin dice: "Sono ciò che regge il mondo e che tiene sotto controllo tutto questo casino."
- A circa 2 minuti e 45 secondi dall'inizio del video in cui incontri Naomi nel Laboratorio, quando lei dice: "Non ci si vede da Shadow Moses. Quanti sono, dieci anni?"
- Nella seconda parte di questa cutscene, dopo aver salvato, quando Snake dice: "Per questo sono morti il presidente dell'AT....e Liquid"
- Circa 5 minuti dopo il flashback precedente, quando Snake esclama "Lui!" (riferito a Drebin) rispondendo alla domanda in cui Naomi gli chiede chi potrebbe avergli iniettato una nuova specie di FOXDIE.
- Dopo aver battuto Laughing Octopus, quando Snake esce dal laboratorio e controlla le impronte per terra usando un coltello
- Dopo che l'APC di Drebin viene attaccato dai Gekko e si ribalta in città, nel momento in cui Snake e Naomi uscendo dal mezzo tengono per mano la scimmia.
- L'ultimo flashback dell'atto è sempre nello stesso video, nel momento in cui Raiden, dopo aver distrutto diversi Gekko e rimesso la spada nel fodero, apre il visore.

 

ATTO 3 - MISSION BRIEFING
- Il primo flashback del briefing è quando Sunny dice: "Si chiamava Olga" guardando la foto di sua madre appesa al muro.
- Quando Snake dice: "Allora è di questo che parlava Liquid?"
- Dopo circa 3 minuti e 40 secondi, quando Naomi dice "Sapeva fin dall'inizio che l'esperimento in Sud America non avrebbe funzionato"
- Quando ad un minuto dal flashback precedente, Naomi si inginocchia davanti a Raiden.
- Diversi minuti dopo, mentre Otacon e Naomi guardano la foto di Emma sul computer.

 

ATTO 3
- Quando Big Mama distrugge l'ultimo dei tre Gekko Nani.
- Nello stesso video, mentre gli uomini della resistenza si preparano e Big Mama dice a Snake: "Oggi, chiunque ha un computer può addestrarsi al combattimento"
- Appena Big Mama si rialza dopo essere stata trafitta da un pezzo di metallo nell'incidente in moto.
- Circa 1 e 30 secondi dopo il flashback precedente, quando Big Mama dice a Snake: "Promettimelo"
- Dopo aver battuto Raging Raven e reincontrato Big Mama, che dice: "Scenderò dalla mia moto solo per innamorarmi" guardando la sua moto distrutta. Fortunatamente questo è l'ultimo flashback del terzo atto.

 

ATTO 4 - MISSION BRIEFING
- A 4 minuti e mezzo dall'inizio del briefing, quando Sunny scende le scale e Otacon esclama: "Ora tutto ha senso".
- Dopo circa 3 minuti e mezzo dal flashback precedente, quando Snake si alza durante la videoconferenza con Campbell e dice: "Allora quale sarà il suo piano?"

 

ATTO 4
- Appena arrivati all'eliporto dirigetevi verso le scale situate a nord est, quando vi avvicinerete partirà una brevissima cutscene in cui una telecamera di sicurezza cadrà per terra, in quel momento il flashback apparirà semplicemente premendo la X.
- Dopo essere tornati nel vecchio ufficio di Otacon, quando a circa 3 minuti e mezzo dall'inizio della cutscene Snake si gira intorno e guarda l'armadietto un cui Otacon si nascose in MGS1.
- Poco dopo, quando Otacon dice a Snake di Naomi: "Te ne sei già dimenticato? Ti ha tradito! Ha rubato il tuo sangue!"
- Ad 1 minuto e mezzo da quello precedente, quando Otacon dice: "Si dirigono al vecchio hangar sotterraneo del REX" riferendosi a Vamp e Naomi.
- Neanche 15 secondi più tardi, quando Snake dice: "Ho quasi nostalgia dei tempi in cui serviva una chiave magnetica per ogni porta"
- Nel video un cui dopo aver sconfitto Crying Beauty (e parlato al codec con Drebin), un lupo le si avvicina e Otacon dice "Benvenuto a casa....Wolf"
- Appena ritornati nel vecchio hangar del REX, quando Snake e l'mk.II si guardano intorno.
- Dopo che Raiden ha ucciso Vamp e Naomi è ormai in fin di vita, quando Otacon dice: "... Perchè finisce sempre così?" ad 8 minuti dall'inizio del video.
-NASCOSTO: Alla fine dell'atto, quando Raiden arriva per salvare Snake e urla: "Rose!" dovrete premere continuamente la X fino alla fine della cutscene visto che il gioco non vi segnalerà la presenza di alcun flashback.

 

ATTO 5 - MISSION BRIEFING
- A metà del briefing, quando otacon dice "...era intenzionata a fermare Liquid."
- Circa 1 minuto e mezzo dopo, mentre Otacon parla con Snake e dice: "Naomi lavorava a un programma per distruggere GW, ma non è riuscita a completarlo. Così l'ha passato a Sunny"
- Dopo 1 minuto rispetto al flashack precedente, quando Otacon dice: "Ma il cluster worm creato da Sunny è persino migliore di quello di Emma"

 

ATTO 5
- Appena Screaming Mantis arriva nel centro di comando di Outer Haven e Snake dice "Psycho Mantis?"
- Dopo aver sconfitto Screaming Beauty, quando apparirà Psycho Mantis e vi parlerà dell'assenza della memory card
- Pochi secondi dopo il flashback precedente, appena Psycho Mantis vi dirà di appogiare il controller sul pavimento.
- NASCOSTO: Qualche secondo dopo, mentre Psycho Mantis sta per esplodere ci sarà un flashback non segnalato dal gioco in cui verrà mostrata una foto di Kojima.
- Dopo l'esplosione di Psycho Mantis, quando sentiremo una voce dire: "Lo spirito del guerriero sarà sempre con te"
- Nella cutscene successiva, quando Meryl e Akiba cercano di resistere all'attacco delle frogs e Akiba dice: "No. Non ho le nanomacchine."
- Circa un minuto dopo rispetto al flashback precedente, quando Meryl dice ad Akiba: "Tutti quei problemi di stomaco che avevi erano dovuti al fatto che non c'erano le nanomacchine ad inibirli?"
- Dopo circa 20 secondi, quando Akiba dice: "Ti ho sempre amata. Dalla prima volta che ti ho vista a Shadow Moses"
- Nell'ultimo video prima del debriefing (dopo il matrimonio), mentre Drebin e Otacon discutono e Drebin dice: "Hai davanti a te un ex bambino soldato."

 

DEBRIEFING
- Dopo 6 minuti dall'inizio della cutscene (dopo il video in cui BB menziona Solidus) quando Big Boss viene inquadrato e dice: "In alcune condizioni, possiamo far ricoprire a qualcuno un determinato ruolo..."
- Circa 5 minuti e 30 secondi dopo, quando Big Boss nomina tutti i membri originali e dice che a parte Zero: "Sono tutti morti."
- Dopo altri 2 minuti e 30 secondi, mentre Big Boss sta uccidendo Zero
- 1 minuto dopo, quando Big Boss dice: "Il FOXDIE che Zero ti ha messo dentro..."
- Dopo appena 10 secondi, mentre Big Boss dice: "A dire il vero è stato il tuo FOXDIE ad uccidere EVA."
- A circa 4 minuti e mezzo da quello precedente, quando Big Boss da un ultima occhiata al suo Patriot.
- L'ultimo flashback del gioco è quando Big Boss fa il saluto militare davanti alla tomba di The Boss.