Unità segreta delle forze speciali istituita durante la Seconda guerra mondiale e formata da soldati scelti delle forze alleate. Il gruppo viene organizzato e addestrato da The Boss. Sciolto alla fine della guerra per le tensioni sorte tra i Filosofi, viene ricostruito durante l'Operazione Snake Eater comandata di nuovo da The Boss. A eccezzione di "The End", che si riferisce alla cessazzione della verità, tutti i membri hanno dei nomi in codice che rispecchiano le emozioni vissute in battaglia. The Boss prova una gioia immensa, dunque si fa chiamare "The Joy". Altri agenti sono "The Pain", per il grande dolore, "The Fear", per l'autentico orrore, "The Fury" per la rabbia infinita, e "The Sorrow", per la profonda tristezza.
Durante la Seconda guerra mondiale, l'Unità Cobra è impegnata in missioni moralmente discutibili che devono restare segrete. Per questo, agli agenti è proibito farsi catturare o persino lasciarsi dietro i cadaveri. Oggi hanno in dotazione standard una microbomba che si attiva alla loro morte.