Il comandante della FOX dopo che Naked Snake ha lasciato l'unità. Ha minato l'autorità del comandante Zero e gli è succeduto. Il suo nome in codice era "Viper". Era un prodotto del Progetto del Successore ed è stato progettato per creare il comandante perfetto in battaglia, che avrebbe comandato i Soldati perfetti.
Il grande carisma di Gene conquista i cuori e le menti delle persone. Inoltre, possiede speciali poteri extrasensoriali che gli hanno permesso di battere Null con un singolo attacco mentale.
Gene ha assunto il comando della base sovietica sulla penisola di San Hieronymo e ha rubato il Metal Gear Balistico Intercontinentale (ICBMG). Ha quindi informato la CIA che lo avrebbe lanciato contro l'Unione Sovietica. Il suo obbiettivo era di sottrarsi al giogo dei Filosofi e di costruire l'Army's Heaven, ossia un eden per il soldati.