Dopo la Seconda Guerra Mondiale, il mondo era diviso in due – Est e Ovest. Ciò segnò l’inizio dell’era della Guerra Fredda. Durante il conflitto, gli Stati Uniti d’America e l’Unione Sovietica iniziarono una corsa sfrenata alla conquista dello spazio e di nuove tecnologie militari.

Nikolai Stepanovich Sokolov, uno scienziato Russo, è al lavoro su un progetto segreto per l’Unione Sovietica: lo Shagohod. Gli Stati Uniti d’America, temendo che questo rafforzi il potere dell'Unione Sovietica, organizzano una missione di infiltrazione per prelevare lo scienziato.

24 Agosto 1964: Missione Virtuosa
Questa è la prima missione di combattimento della Unità FOX, composta dal leader Major Zero, Para-Medic, John e The Boss. John, coinvolto in questa missione con il nome in codice “Naked Snake”, può contare sull'aiuto degli altri membri dell'Unità FOX tramite radio e riceve l'ordine di Major Zero di infiltrarsi a Tselinoyarsk per salvare Sokolov.

Sul suo cammino incontrerà il Maggiore Ocelot e la sua unità, un gruppo elite di Spetsnaz sotto diretto controllo del GRU comandato dal Colonnello Volgin; appena Snake cerca di portare via lo scienziato, Ocelot si intromette e tenta di fermarli, ma senza successo: il giovane sovietico viene messo KO da Snake, mentre Sokolov fugge spaventato. Raggiunto nuovamente il suo obiettivo, Snake si ritrova inaspettatamente di fronte a The Boss, il mentore che non aveva visto per ben sette anni; lei lo ferisce violentemente e lo lascia tramortito, dicendogli di essere passata alla fazione avversaria riformando l'Unità Cobra per l'occasione. The Boss ricattura così Sokolov e volge verso l'Unione Sovietica con Volgin,Ocelot, Tatyana (una potenziale agente KGB che sostiene di essere l’amante di Sokolov) e lo Shagohod.

Uno dei due Davy Crockett, missili americani a testata nucleare portati da The Boss a Volgin, viene lanciato da quest’ultimo sullo studio di progettazione di Sokolov, OKB-754. La Missione Virtuosa fallisce.

Nikita Sergeyevich Khrushchev, leader dell'Unione Sovietica, si serve del “Telefono Rosso” per chiamare il Presidente degli Stati Uniti Baines Johnson che deve rendere conto del perché un missile americano sia esploso su suolo russo. Per evitare ritorsioni, la Terza Guerra Mondiale e per spazzare via ogni sospetto, il governo americano non ha altra scelta che uccidere Volgin, responsabile del disastro, e uccidere The Boss, che ha tradito il suo Paese; viene inoltre richiesto al Governo americano di reperire il secondo missile Davy Crockett e salvare Sokolov. Naked Snake viene nuovamente incaricato di portare a termine la missione.

Sigint si unisce all'Unità FOX per l’occasione, nell’ultima possibilità per l'Unità di uscire pulita dal precedente fallimento: se anche questo tentativo fallisse, verrebbe smantellata. ADAMed EVA, due ex-agenti dell'NSA, sono inviati a Tselinoyarsk da Nikita Sergeyevich Khrushchev come agenti KGB; una volta sul posto, Snake dovrà fare ad ADAM la domanda segreta "Chi sono i Patrioti?" a cui l’altro dovrà rispondere "Sono i La Li Lu Le Lo".

30 Agosto 1964: Operazione Snake Eater
Durante questa missione, Naked Snake viene aiutato via radio da Major Zero, Para-Medic e da Sigint. Pochi minuti dopo essere arrivato sul sito, incontra The Boss che gli dice di tornare a casa dopo averlo sconfitto servendosi del CQC (Close Quarters Combat); dopo ciò, The Boss se ne va. Snake continua la missione arrivando al punto d’incontro con ADAM, ma al suo posto trova l'agente del KGB EVA che lo aiuta a difendersi da Ocelot e la sua unità e gli dice dove si trova Sokolov. Durante il suo cammino, Snake si batte con Ocelot in un duello dal quale esce vittorioso e poco più tardi incontra il primo membro dei Cobra, The Pain, che una volta sconfitto esplode per via di una microbomba di cui tutti i membri dell’unità sono dotati.

Snake raggiunge il laboratorio Graniny Gorki ma, invece di trovare Sokolov, incontra Aleksandr Leonovic Granin, un altro scienziato, responsabile dello sviluppo del primo carro armato bipede: il Metal Gear. Egli dice a Snake che lui e il suo concept sono stati scartati da Volgin in favore dello Shagohod, concept di carro armato creato da Sokolov. Granin spiega inoltre che Sokolov è ora detenuto nella base militare di Groznyj Grad.
Snake prosegue la missione e incontra altri due membri dell'Unità Cobra, prima The Fear e poi The End, che uccide dopo due aspri combattimenti; giunto così sulle montagne vicino alla base militare, si riunisce con EVA, che gli rivela di essere un’agente sotto copertura che finge di essere Tatyana, amante di Sokolov. Snake si appresta quindi a raggiungere Groznyj Grad, ma prima assiste da lontano alla morte di Granin durante l'interrotorio di Volgin e combatte contro The Fury, l'ultimo membro dell'Unità Cobra rimasto in vita oltre a The Boss,uccidendolo.

Dopo essersi infiltrato nella base, Snake sorprende Sokolov mentre quest'ultimo sta consegnando i dati sperimentali dello Shagohod ad EVA. In seguito ad una conversazione con Sokolov a proposito dello Shagohod e Tatyana, viene scoperto e catturato da Volgin.

Naked Snake deve ora superare una sessione di tortura per mano di Volgin che vuole sapere se si trovi lì per l'Eredità dei Filosofi, un enorme ammontare di denaro raccolto dagli uomini più ricchi di Stati Uniti, Unione Sovietica e Cina nel corso della Seconda Guerra Mondiale. Allo stesso tempo rivela dove è stato nascosto il microfilm contenente tutte le transazioni utilizzate per disperdere l'Eredità per le banche di tutto il mondo; EVA (sotto copertura), Ocelot e The Boss sono tutti lì. Snake perde il suo occhio destro durante l'interrogatorio ma riesce a salvare la vita di EVA, per poi essere portato in cella.

Riuscito ad evadere, Snake salta da una cascata per sfuggire ad Ocelot e, poiché è vicino alla morte, incontra il fantasma di The Sorrow, un tempo membro dell'Unità Cobra, in una specie di sogno lucido in cui rivede le anime di coloro che ha precedentemente ucciso. Riesce a districarsi da questo incubo e a dirigersi verso la grotta in cui incontra EVA, la quale gli dà del C-3 rubato alla base.

Snake allora torna a Groznyj Grad, piazza il C-3 nel deposito in cui è contenuto lo Shagohod ma, poco dopo aver impostato il timer, viene scoperto da Volgin, il quale è in compagnia di Ocelot, The Boss ed EVA, trovata nei sotterranei mentre era alla ricerca del microfilm. Sapendo ora che EVA è una spia, Volgin chiede a The Boss di nascondere il microfilm altrove.The Boss accetta immediatamente, portando EVA con sé per sbarazzarsene. Snake sconfigge Volgin, esce dal deposito e trova EVA ad aspettarlo nel suo side-car: gli spiega che The Boss l'ha lasciata fuggire e che lo attende vicino al lago per lo scontro finale. 

I due fuggono assieme sulla motocicletta ma sono presto raggiunti da Volgin che, ancora vivo, ha preso lo Shagohod prima dell'esplosione del C-3. In un nuovo combattimento Snake distrugge lo Shagohod e sconfigge Volgin, poi colpito da un fulmine.

Snake ed EVA finalmente arrivano al lago dove The Boss sta aspettando. Prima della battaglia finale, The Boss distrugge Groznyj Grad e il laboratorio di ricerca di Granin con l'ultimo Davy Crockett e spiega a Snake la sua visione del mondo come vorrebbe che fosse. Parla a proposito dei Filosofi (The Boss era la figlia dell’ultimo di essi) e il loro primo e vero obiettivo: mantenere la pace sulla Terra. Parla inoltre della sua sofferenza, dei suoi sacrifici come soldato e del suo dolore come madre il cui figlio le è stato portato via alla nascita - diversi elementi portano a capire che questo suo figlio non è altri che Ocelot. Infine racconta di quando ha avuto la visione di un mondo unito, viaggiando nello spazio durante il Programma Mercury; il suo desiderio più grande è quello di un mondo senza frontiere, com’era anche il piano originale dei fondatori dei Filosofi.

Snake sconfigge The Boss dopo un lungo e aspro combattimento. Prima di morire, The Boss consegna a Snake un microfilm e gli chiede di portare avanti i suoi piani e porre fine alla sua miseria;

Snake si serve allora dell’arma di The Boss, la Patriot, e la uccide. In seguito raggiunge EVA che lo attende su un ekranoplano (WIG) vicino al lago e, una volta partiti, incontrano Ocelot che riesce a salire a bordo; Snake e il giovane si affrontano in un epico duello in stile spaghetti western che si conclude con la spontanea uscita di scena di Ocelot (le armi erano caricate a salve).
Il viaggio di Snake ed EVA continua, ma non senza problemi:  il loro velivolo è ora inseguito da due MiG-21 sovietici, intenzionati ad abbatterlo; proprio all'ultimo istante, però, il presidente Khrushchev, grato a Snake per il suo successo nella missione, dà l’ordine ai jet di tornare indietro.

Dopo essere atterrati sani e salvi in Alaska, Snake ed EVA spendono la notte insieme, ma l’indomani EVA è sparita, lasciando solo una cassetta audio che spiega tutto: lei non è la EVA che lasciò l'NSA per l'URSS nel Settembre del 1960 (i due agenti NSA erano infatti entrambi uomini), ma una spia incaricata di reperire l'Eredità dei Filosofi per la fazione cinese dei Filosofi. (The Boss era al corrente di tutto ciò e così lasciò EVA fuggire con un microfilm falso). Rivela inoltre la verità a proposito della missione di The Boss: essa era in realtà stata inviata dalla CIA per reperire e mettere al sicuro l'Eredità dei Filosofi. La sua diserzione verso la fazione Sovietica era un ordine degli USA per consentirle di contattare Volgin, e l'unico evento inaspettato fu il lancio del Davy Crockett sul laboratorio da parte di quest’ultimo. The Boss ha dovuto dare la sua vita per apparire agli occhi di tutti come una traditrice della patria e dare la possibilità al governo degli Stati Uniti di salvare la faccia. La verità è che fu una vera patriota, una vera eroina che sacrificò la sua vita e il suo onore, e che passerà alla storia, ufficialmente, come una criminale di guerra.

Naked Snake diventa Big Boss per aver portato l'Eredità indietro e aver sconfitto il suo mentore, The Boss, ma lascia l'Unità FOX dopo aver appreso di tutta questa vicenda.

Come svolta finale nella vicenda, Ocelot viene scoperto come triplo agente: in origine egli era membro del KGB come ADAM, l'agente dell'NSA che abbandonò la fazione USA e al quale fu affidata la missione di abbattere il Primo Segretario Sovietico Nikita Sergeyevich Khrushchev. Nonostante ciò, il suo "vero" mandante era il Direttore della CIA, un'organizzazione dei Filosofi americani, che gli ha chiesto di reperire l'Eredità per conto degli Stati Uniti: in questo suo incarico è stato aiutato da The Boss e, inconsapevolmente, da Naked Snake. Ocelot dice alla CIA che solo metà dell'Eredità dei Filosofi è sul microfilm: l'altra metà è ancora in mano al KGB e, in qualche modo, riuscirà a trovarla in seguito e a tenerla per sé. Consegna inoltre i disegni tecnici del concept del Metal Gear di Granin.

scritto da KONAMI, adattato e corretto da Joe e Tiger Lily