David "Solid Snake"

In questo episodio è di nuovo lui il protagonista, in un modo o nell'altro. Lo troviamo "invecchiato" di due anni, con una storia finita male con Meryl Silverburgh e con uno scopo nella vita, liberare il mondo dalla tecnologia del Metal Gear. A lui si sono uniti Hal "Otacon" Emmerich, ex capo progettista del Metal Gear REX, distrutto da Snake nel primo episodio, e Mei Ling, che saltuariamente fornisce supporto al gruppo dal SSCEN (un dipartimento del pentagono). Insieme formano l'organizzazione anti-Metal Gear denominata Philantrophy, che, dall'incidente di Shadow Moses, si è occupata di distruggere tutte le unità di Metal Gear che spuntavano al mondo. Aiuta Raiden a combattere contro Solidus Snake e contro i Patriots, che vogliono continuare a sfruttare la tecnologia del Metal Gear per i propri fini.

Hal "Otacon" Emmerich

Patito degli anime giapponesi, si affibiò il soprannome "Otacon" quando incontrò Snake a Shadow Moses. Esperto di informatica, non andò a scuola e si formò da autodidatta, è co-fondatore dell'organizzazione anti-Metal Gear denominata "Philantrophy", offre supporto a Snake quando egli va in missione. Con i suoi programmini e "gadget", rende le missioni di Snake più "semplici". Nel Plant è protagonista del salvataggio degli ostaggi presi dai Sons of Liberty e del tentativo di sabotaggio di GW assieme alla sorellastra Emma.

Mei Ling

Solo nominata in questo capitolo, fornisce occasionalmente aiuto al gruppo Philantrophy dal SSCEN. Nell'incidente di Shadow Moses era la persona incaricata alla gestione dei dati di missione.
Easter Egg: Salvando numerose volte durante il tanker, si intrometterà nella frequenza di salvataggio tra Snake ed Otacon, a causa dei proverbi spiegati male da quest'ultimo.

Olga Gurlukovich

Figlia del Colonnello Sergei Gurlukovich, capo della spetsnaz, possiede ottime doti di combattimento, dovute al fatto di aver partecipato ad azioni di combattimento assieme al padre da giovanissima. Essendo il padre un "residuato" del vecchio regime russo, è stata educata in modo da seguire le orme del padre, che vuole la rinascita dell'Unione Sovietica. E' incinta di pochi mesi.
Nel Plant viene costretta dai Patriots a collaborare al loro progetto, pena l'uccisione del figlio nato dopo gli eventi del tanker. Aiuterà Raiden sotto il nome di Mr. X, fino a quando, per proteggere Raiden, si lascia deliberatamente uccidere da Solidus.

Sergei Gurlukovich

Capo della spetsnaz russa, ha oltre mille soldati sotto il suo comando, è padre di Olga e futuro nonno. Ha educato la figlia secondo le sue convinzioni, e spera che essa diventi un audace guerriero, come lui. Viene tradito da Ocelot e ucciso dallo stesso, conosceva il doppio gioco che Ocelot fece con Solidus ai tempi di Shadow Moses e forse conosceva l'esistenza dei Patriots.

"Revolver Ocelot"

E' mistero sul vero nome di quest'uomo, "specialista in interrogatori e formidabile pistolero", ex membro di GRU, KGB e Foxhound, sciolta dopo Shadow Moses. Segue il colonnello Gurlukovich, con cui condivide gli ideali. Tradisce il suo amico Sergei, lo uccide, ruba il RAY alla marina e lo consegna al nuovo presidente degli Stati Uniti, con cui sembra sia ancora in combutta. Successivamente tradisce anche il presidente e si scopre che Ocelot è un agente dei Patriots, fatto che viene alla luce quando il volere di Liquid, rimasto nel braccio destro di Ocelot, che lo stesso si era fatto trapiantare, viene fuori e sovrasta quello di Ocelot. Si scopre inoltre che fu Liquid ad avvertire Snake ed Otacon dell'Arsenal Gear, delle armi nucleari su di esso e del GW.

Comandante Scott Dolph

Comandante della divisione dei marines che si occupa del nuovo progetto Metal gear degli Stati Uniti. Ha una figlia, Helena, che fa parte di una unità speciale. Conosce i Patriots, e viene ucciso da Ocelot probabilmente per questo motivo.

Jack "Raiden"

Nuovo membro di Foxhound, si è formato sotto l'addestramento virtuale dell'esercito, denominato "Forza 21". E' fidanzato con un'analista, Rose, prende apparentemente ordini dal Colonnello Roy Campbell, ex comandante di Snake. Non ha mai partecipato ad una vera missione, ne consegue che questo sia il suo "Battesimo del fuoco". Durante il Plant si scopre che era un bambino soldato che fu addestrato da Solidus in Liberia, che ha esperienza a volontà e che è stato sfruttato dai Patriots per il loro Progetto S3. Viene aiutato da Snake in molteplici occasioni, che lo farà maturare anche sul piano mentale.

Colonnello

Apparentemente sembra essere il colonnello Campbell, tuttavia Raiden non sa il suo nome, e non lo ha mai incontrato. Fornisce supporto alla giovane recluta tramite nanocomunicazioni. Si scopre che il colonnello era un mix tra GW e le esperienze ed aspettative di Raiden.

Rose

Analista per conto della nuova Foxhound, è fidanzata con Raiden, e partecipa alla missione in supporto alla sua metà assieme al colonnello. Cerca di aiutare Raiden a superare lo sconforto per il passato oscuro venuto alla luce.

Iroquois Pliskin

Strano tenente di vascello facente parte dei Seal's, l'unità speciale della marina. Unico sopravvissuto ad un devastante attacco subito dai Seal's da parte dei Dead Cell, si offre di aiutare Raiden. Si scopre più tardi che Pliskin era in realtà Snake.

Vamp

Membro dell'unità Dead Cell, è un abilissimo utilizzatore di coltelli, neutralizza senza sforzo l'intera squadra Alfa dei seal's, viene visto in azione da un incredulo Raiden. Non si sa il motivo, ma riesce a sopravvivere ad ogni ferita, anche mortale, come se la stessa non fosse mai stata subita.

Helena "Fortune" Dolph-Jackson

Capo dell'unità Dead Cell, apparentemente invulnerabile in battaglia, neutralizza la squadra Bravo del seal's in pochi colpi del suo fucile elettromagnetico, arma sperimentale che solo lei può usare grazie alla sua "fortuna". Sfruttata dai Patriots per il progetto S3, cerca di vendicare il padre e il suo onore sparando ad Ocelot, ma i suoi colpi vanno a vuoto e viene uccisa dallo stesso Ocelot.

Presidente Johnson

44esimo presidente degli Stati Uniti d'America, succede al dimissionario George Sears, quest'ultimo ex-fondatore di Dead Cell. Catturato da Vamp e Fortune, è l'unico che può attivare la "valigetta". Fu contattato dai Patriots che gli proposero di diventare presidente prestando giuramento e lealtà cieca ai Patriots. Mal sopportava il fatto di essere un burattino, organizza il finto attacco terroristico per rubare l'Arsenal Gear e negoziare con i Patriots per diventare uno di loro.

Peter Stillman

Ex membro della squadra artificieri di New York, ex docente della cosiddetta "Indian Head", esperto nel campo degli esplosivi e nel campo della demolizione, viene portato dai seal's in quanto necessario alla missione proprio per le sue proverbiali abilità. E' il mentore di Fatman, che ha disseminato di esplosivi il Big Shell.
Muore attivando per errore una grossa bomba sulla base del supporto H, ma grazie al suo sacrificio Raiden saprà come disinnescare la bomba senza attivarla per errore.

Fatman

Terzo ed ultimo membro di Dead Cell, l'uomo si è formato sotto la guida di Stillman, erede di quest'ultimo, nel campo della demolizione. Il suo è un talento innato, rimarcato dal fatto che costruì un dispositivo nucleare a soli 10 anni. Ha piazzato numerosi esplosivi sul Big Shell. Utilizza acqua di colonia per "firmare" le proprie "opere" ed ha una cura maniacale delle sue mani. Ucciso da Raiden, era un ispettore dei Patriots che doveva verificare i progressi e le potenzialità di Raiden, che doveva ucciderlo.

Cyborg Ninja

Sembra proprio lo stesso ninja visto a Shadow Moses, aiuta Raiden durante il suo cammino, dandogli consigli su come procedere, oltre a varie informazioni importanti. Per combattere utilizza una spada ad alta frequenza, con cui riesce anche a deviare le pallottole. Si scopre che il ninja era Olga Gurlukovich, che fu costretta da Ocelot ad inventare questo nuovo ninja per il Piano S3 dei Patriots.

Richard Ames

Agente dei servizi segreti, catturato e tenuto in ostaggio dai terroristi del Big Shell. Ex marito di Nastasha Romanenko, monitorò dalla casa della ex moglie l'intera operazione su Shadow Moses. Agente dei Patriots viene sfruttato e ucciso dagli stessi Patriots per aver aiutato l'ex moglie Nastasha nel salvare e rendere pubblici ogni sorta di dato segreto su Shadow Moses.

George Sears "Solidus Snake"

43esimo presidente degli Stati Uniti, fondatore dell'unità Dead Cell e fratello di Solid Snake e Liquid Snake. A causa degli eventi di Shadow Moses, si dimise, e restò nell'ombra fino a quando non si presentò l'occasione per avere la sua rivincita. A causa del suo essere clone, soffre dell'invecchiamento precoce. Cerca in tutti i modi di attaccare i Patriots, prima sfruttando l'Arsenal Gear, poi cercando di uccidere Raiden per ottenere dalla sua corteccia cerebrale le informazioni sulle identità dei Patriots per eliminarli.
Viene ucciso in battaglia da Raiden, e mentre guarda morente la statua di George Washington, sorride, comprendendo che la libertà è libertà solo in senso lato, e mai totale.

"E.E." Emma EmmerichDanziger

Sorellastra di Hal Emmerich. Fin da giovanissima diventa esperta nell'ingegneria informatica, nella teoria della complessità e nella programmazione, in special modo delle I.A.(Intelligenza Artificiale). Si sostiene che il leader dei pirati informatici che attaccarono il centro dati dell'NSA il 24 gennaio 2000 fosse lei. Portata sul Big Shell proprio per le sue eccezionali abilità. Le viene ordinato dai Patriots di creare GW e, quando il progetto inizia ad andare fuori controllo, le viene ordinato di creare un virus per distruggere GW, in modo che nessuno potesse accedere alle preziosissime informazioni che esso conteneva. Viene ferita a morte da Vamp e in punto di morte si riappacifica col fratellastro Otacon, ritrovato dopo più di 10 anni per soli pochi minuti.