Con la crescita dell'influenza della CIA sulle questioni militari americane, con il tentativo di invasione di Cuba del 1961 e le operazioni segrete in Nord Vietnam, il Pentagono ha capito che una crisi era ormai imminente. Nel 1970 ha dunque formulato un piano sulla penisola di San Hieronymo, per minare la CIA. Si trattava di uno schema alquanto sofisticato: per prima cosa avrebbe isolato la FOX facendole dirottare un Metal Gear in transito e rapire il leggendario eroe Naked Snake e lo avrebbe messo contro la FOX, incastrando Gene e costringendolo a lanciare il Metal Gear Balistico Intercontinentale.

 

L'ICBMG prodotto in Russia sarebbe stato lanciato contro la patria proprio da una base russa. In questo caso, pubblicamente i sovietici non avrebbero potuto puntare il dito contro gli USA.

Il Pentagono avrebbe portato alla caduta della CIA esponendone l'operato poco ortodosso e Cunningham, l'uomo del Pentagono al suo interno, avrebbe infine occultato tutte le prove con un Davy Crockett. Questo, almeno secondo i piani.

 

Tuttavia, mentre Naked Snake è riuscito ad annientare la FOX, i piani per il lancio di un attacco nucleare contro l'Unione Sovietica e la distruzione della base di San Hieronymo sono entrambi falliti. In contemporanea il direttore della CIA è stato assassinato a Langley e il governo USA è piombato nel caos.