Negli anni ’90, la CIA viene a conoscenza della creazione di una fortezza armata soprannominata Outer Heaven nelle remote distese del Sudafrica. Outer Heaven è una compagnia militare privata (CMP) che sfrutta la propria neutralità politica per arrivare a controllare il potere sul campo di battaglia, spiegando ai propri soldati nelle regioni martoriate dalla guerra in tutto il mondo. La presa di potere di Outer Heaven desta preoccupazione alle maggiori potenze.
La vera natura di Outer Heaven emerge nel 1995, quando si scopre che ha prodotto un carro armato bipede dotato di armi militari. Temendo che Outer Heaven possa produrre armi di distruzione di massa, gli Stati Uniti incaricano l’unità FOXHOUND delle forze speciali di indagare. FOXHOUND invia il suo migliore soldato, Gray Fox, con al seguito la nuova recluta Solid Snake, il nome in codice della missione è Operazione Intrude N313. Diversi giorni dopo l’assegnazione dell’incarico a FOXHOUND, Outer Heaven viene distrutta dall’inspiegabile terremoto che ha colpito la zona. Questa serie di eventi è nota come “rivolta di Outer Heaven”. Finita questa missione, Solid Snake lascia FOXHOUND.

Outer Heaven è stata fondata da Big Boss, l’ex eroe che ha allontanato il pericolo di una guerra totale nucleare tra USA e URSS nell’Operazione Snake Eater. Big Boss dirige in segreto Outer Heaven mentre è a capo dell’unità FOXHOUND della CIA. Negli anni ’90 fonda la CMP con una parte dell’Eredità dei Filosofi, un’ingente somma di denaro sottratta all’URSS nell’Operazione Snake Eater. Outer Heaven si basa sull’ideale di “Un mondo in cui i soldati possano realizzare la loro unica ragione di vita”. Big Boss vuole creare un mondo tutto suo nel nord del Sudafrica, fuori dal controllo delle maggiori potenze, per questo chiama la sua organizzazione Outer Heaven, il paradiso al di fuori. La sua CMP prospera inviando soldati nelle zone martoriate dalla guerra in tutto il mondo, e il paradiso dei suoi soldati alla fine prende forma nel nord del Sudafrica, con il contributo di soldati da ogni parte della Terra. Per contrastare la rapida ascesa al potere di Outer Heaven e la sua conquista delle regioni confinanti, nasce un movimento di resistenza, cui membri quali Kyle Schneider, Jennifer e Diane partecipano alla costituzione di Outer Heaven, ma poi si ribellano alla minaccia militare che la CMP rappresenta. Ben presto Outer Heaven deve fare i conti anche con le nazioni occidentali e Big Boss, un tempo ritenuto il più grande patriota della storia americana, viene ucciso dai suo ex connazionali.