Unità operativa speciale fondata da Big Boss nel 1971. Ai componenti viene assegnato un nome in codice FOXHOUND. Dopo la diserzione dalla precedente unità FOX, è stata istituita una nuova unità allo scopo di eliminare FOX e da questo deriva il suo nome FOXHOUND, ovvero "segugio anti-FOX". Al pari dell'unità FOX, il suo ruolo principale consiste nel compiere missioni di infiltrazione solitarie e procurarsi tutte le armi sul posto, senza lasciare traccia della propria presenza.
Il leggendario mercenario Big Boss è stato il primo comandante dell'unità, seguito da Roy Campbell. FOXHOUND si è guadagnata un'ottima fama dopo il successo delle sue missioni di infiltrazione solitarie durante i disordini di Outer Heaven e Zanzibarland. L'emblema usato da FOXHOUND all'epoca era in stile cartone animato.
Nel 2005, i fatti conseguenti alla diserzione di un gruppo attivo di FOXHOUND sull'isola di Shadow Moses, diventaranno conosciuti come l' "incidente di Shadow Moses". Solid Snake, ex membro di FOXHOUND, reprime la rivolta e FOXHOUND viene sciolta.