Il 1999 ha visto un crescendo incontrollabile di atti terroristici che anno scosso la nazione dell’Asia centrale di Zanzibarland. Tutto è iniziato con la conquista degli impianti adibiti allo smaltimento degli armamenti nucleari sparsi nel mondo per ottenere la superiorità militare, per poi continuare nel tentativo di conquistare la superiorità economica con il rapimento del dottor Kio Marv, l’illustre biologo ceco che aveva elaborato l’OILIX, un microrganismo in grado di raffinare il petrolio.
Preoccupato della situazione, il governo USA incarica FOXHOUND dell’Operazione Intrude F014. Solid Snake si è già ritirato dal servizio attivo, ma il comandante di FOXHOUND Roy Campbell lo richiama perché si infiltri a Zanzibarland e porti in salvo il dottor Kio Marv. Snake ha con sé un radar che intercetta i movimenti e riceve appoggio via radio dall’istruttore di tecniche di sopravvivenza di FOXHOUND Master Miller, dall’esperto di flora e fauna di Zanzibarland Johan Jacobsen e da George Kessler, che gli trasmette informazioni.
Snake stabilisce il contatto con l’agente della CIA Holly White, la quale stava cercando di infiltrarsi nella Torre di Zanzibarland, e Gustava Heffner, che protegge il dottor Kio Marv, poi sconfigge i mercenari Running Man, Night Fright, Jungle Evil, Black Ninja, Red Blaster e Four Horsemen, per poi ricongiungersi con il dottor Drago Pettrovich Madnar dal quale viene finalmente a sapere il nome del leader militare di Zanzibarland.
Il leader di Zanzibarland è l’ex comandante di FOXHOUND Big Boss, che è stato sconfitto da Solid Snake ad Outer Heaven ed è stato riportato in vita con il progetto Snatcher del dottor Madnar. Sopravvissuto alla distruzione di Outer Heaven, lavora in segreto alla creazione di un mondo dominato dai conflitti, dove i soldati possano trovare la loro ragione di vita. Snake capisce che il dottor Madnar è un traditore quando scopre che il corpo torturato del dottor Kio Marv. Dopo avere sconfitto Madnar, Snake affronta Metal Gear D, pilotato da Gray Fox, scomparso dopo la rivolta di Outer Heaven. Snake distrugge Metal Gear D, poi affronta Gray Fox in un corpo a corpo su un campo minato. La loro ragione di vita è uno scontro finale su un campo di battaglia mortale.
Dopo aver sconfitto Gray Fox e Big Boss, Solid Snake sembra scomparire dalla faccia della Terra.