Storia
scritta da "Metal Jack"
Novembre 1974, litorale di Barranquilla, Colombia.
Dopo essersi allontanato dagli Stati Uniti, Big Boss ha fondato un piccolo gruppo di mercenari rinunciando ai suoi decori ed al prestigio ricevuti sotto le armi, compreso il titolo di "Big Boss", tornando a farsi chiamare col suo precedente nome in codice “Naked Snake”. E' costantemente inseguito dalla CIA, ed ha trovato un posto discreto in cui nascondersi nelle zone della costa di Barranquilla, in Colombia, dove ha sede la sua compagnia di soldati, la Militaires Sans Frontieres (MSF).
Viene avvicinato da un professore, un certo Ramon Galvez Mena dell'Università della pace della Costa Rica; egli parla di un gruppo militare pesantemente armato ed estremamente organizzato che bazzica da diverso tempo in Costa Rica, spiegando che si tratta probabilmente di un gruppo finanziato dalla CIA. Non avendo molto denaro, offre come compenso per la cacciata di questo gruppo la proprietà d'una piattaforma off-shore situata nei Caraibi.
All'inizio Snake si rifiuta ma, per convincerlo ad accettare, il professore gli racconta la storia d'una ragazza sua studente, presente al colloquio, che ha subito atroci sofferenze. Snake continua a rifiutarsi, e ragionando a quattr'occhi col suo socio, Kazuhira Miller, gli spiega che il "professore" è quasi certamente un membro del KGB: il suo probabile obiettivo è quello di bloccare l'operazione della CIA, qualunque essa sia, in modo che Il Lupo abbia possibilità d'azione in America centrale. Il professore, non sapendo come convincere Snake, butta giù la maschera e gli racconta ciò che Snake e Kaz avevano teorizzato; gli fa inoltre ascoltare un nastro che la ragazza aveva riportato indietro dopo essere sfuggita alla prigionia. Nel nastro si ode la voce di The Boss. Snake accetta immediatamente l'incarico.
Durante la ricognizione del piccolo campo dov'era stata tenuta la ragazza, tale Paz Ortega Andrade, Snake scopre che delle testate nucleari sono state portate in Costa Rica. Si sente in dovere di sabotare l'operazione. Il "professore" gli dice che forse può reperire informazioni dettagliate del territorio da un gruppo rivoluzionario del Nicaragua che è stato cacciato in Costa Rica.
Nel mezzo della conversazione con il leader del FSLN, avviene una scaramuccia con un robot volante che fa molte morti nel gruppo rivoluzionario e che rapisce alcuni d'essi, tra cui Chico, il fratello della leader Amanda Valenciano Libre, che sarà l'unica persona che Snake riuscirà a salvare. Chico è importante poiché è l'unico dell'FSLN che conosce bene l'ubicazione delle infrastrutture del gruppo nucleare ed è inoltre l'unico che non ha la forza necessaria a resistere alle torture.
Amanda gli indica la strada da seguire per il campo di prigionia dov'è situato Chico, che dopo poco viene liberato: esso rivela come e dove passano tutte le merci che vengono sbarcate al porto della costa vicina, quindi Chico ammette d'aver cantato e d'aver rivelato i nascondigli dei pochi membri scampati al massacro. Snake riesce ad arrivare a pochi passi dai camion di trasporto, al cui interno scorge le testate nucleari, fugando ogni possibile dubbio; il suo inseguimento viene bloccato da un carro armato che fa crollare l'entrata del tunnel. Liberatosi del carro, Snake chiede lumi a Chico, che gli descrive una via montuosa per arrivare alla base principale del gruppo nucleare.
Riesce a raggiungere la base, scoprendo che le testate sono state già portate a destinazione. Durante l'estrazione dalla base, Snake riesce ad ascoltare una conversazione tra il probabile sviluppatore di una qualche arma che sfrutterà le testate nucleari ed un uomo che verosimilmente comanda le operazioni. Nel tentativo di inseguirlo, Snake scorge lo stesso macchinario che ha attaccato i membri del FSLN che trasporta qualcosa; prima di poter agire, però, viene bloccato da un carro armato. Lo scienziato che Snake ha aiutato poco prima gli rivela che è un carro senza pilota, dandogli indicazioni su come neutralizzarlo. Dopo lo scontro, lo scienziato si presenta col nome di Huey: egli spiega a Snake che la struttura in cui si trovano è una struttura di sviluppo per armi senza pilota come quella appena affrontata e che l'intero progetto, chiamato "Peace Walker", è sotto lo sviluppo ed il controllo dell'uomo con cui Huey stava parlando, identificato come Hot Coldman, Ufficiale in capo della CIA per la regione del Centro America.
Huey spiega che il Peace Walker non è altro che un enorme carro armato che ha la possibilità di trasportare e lanciare testate nucleari, aggiungendo che l'idea originale proviene dalla Russia e che è stata riadattata; spiega inoltre che, al contrario degli esseri umani, il Peace Walker essendo una macchina dà la certezza di reagire ad un attacco, rendendo dopo tanti anni fattibile la teoria del deterrente, a patto di lanciare per primi per dimostrare che funziona. Huey dice che da lì a 5 giorni verranno eseguiti gli ultimi test ed assemblaggi prima del lancio del Peace Walker in una base vicino al confine col Nicaragua, aggiungendo che manca un componente fondamentale al Peace Walker: la sua IA, ossia il cervello artificiale; senza d’esso, con la sola presenza di un pod denominato rettile, il Peace Walker può solo obbedire agli ordini, senza quindi avere la possibilità di scelta. Per finire Huey dice a Snake dove trovare il pod non ancora completo per distruggerlo, ossia nel laboratorio del suo sviluppatore, tale Dr. Strangelove.
Durante il viaggio nella giungla per raggiungere il laboratorio, Snake trova una donna, un'ornitologa, con cui scambiando due chiacchiere capisce d'aver forse trovato l'amica di Paz che aveva registrato il nastro. La donna, che risponde al nome di Cecile Cosima Caminades, viene portata sulla Mother Base, mentre Snake arriva al laboratorio, dove incontra subito la Dr.ssa Strangelove, che conosce molto bene sia The Boss che Snake stesso. Dopo averlo provocato, la Dr.ssa porta Snake a "parlare" con The Boss, o per meglio dire, con la sua IA. Strangelove spiega che ha utilizzato tutte le informazioni ottenute su The Boss per ricreare il suo modo di pensare, per dare il destino del mondo nelle mani della persona più affidabile sul pianeta. Dopo aver causato un errore nell'IA, Snake viene stordito.
Al suo risveglio Strangelove è sparita, ed il pod viene trasportato via da un elicottero, mentre sullo sfondo si erge la figura del Chrysalis. Dopo una dura battaglia, anche il Chrysalis cede alle capacità di Snake; Huey riesce a scoprire, tracciando il percorso dell'elicottero, l'ubicazione della base del Peace Walker, mascherata da miniera. Dopo esser stato scoperto, Snake ingaggia battaglia con un nutrito gruppo di nemici, che però nulla può di fronte a lui. Non appena arriva alla porta d'ingresso, nella cava scende un enorme carro armato: è il terzo robot IA, il Cocoon. La tattica usata da Snake, ossia quella di far surriscaldare il Cocoon, funziona, permettendogli di arrampicarsi sull'enorme struttura del carro e di neutralizzarlo. Con un esplosione fortuita, la porta della base sotterranea si danneggia e si apre, permettendo l'accesso all'interno.