Un tipo di oggetto collezionabile molto particolare sono i "soldati nelle scatole" (in inglese MIBs: men in boxes). Questi strani nemici si trovano all'interno di normalissime scatole di cartone che essi usano per nascondersi e mimetizzarsi con l'ambiente. Inoltre, spesso queste scatole sono a loro volta ben nascoste da qualche parte, o comunque non sono esattamente poste in bella vista.
Ci sono cinque di questi curiosi personaggi da trovare, e una volta sbloccati essi compariranno anche nel menu Collezioni del menu principale. Ne troverete al massimo uno per ciascun File.
File R-00
Non ci sono soldati in scatola in questo File.
File R-01
Il primo Cyborg nascosto in una scatola lo potrete trovare nascosto nel bel mezzo di numerosi container all'interno della fabbrica che visiterete al termine di questo livello. In particolare, proprio prima della porta che vi porterà poi all'esterno e verso il combattimento contro il boss di questa missione, troverete un mucchio di container. Se controllate bene, in mezzo ad alcuni di essi è possibile trovare un passaggio; seguite il passaggio fino in fondo e troverete il primo soldato nascosto nella scatola di cartone.
File R-02
Il soldato di questo File si trova nell'ultima porzione delle fogne, proprio prima di trovare il muro mimetico che poi porterà all'interno del laboratorio di ricerca. In quest'ultima regione delle fogne, pattugliata tra l'altro da alcuni Vodomjerka (grossi robottoni che scivolano sulla superficie dell'acqua), c'è una piccola stanza proprio al centro; la scatola, e il soldato in essa, sono nella stanza.
File R-03
Dopo i primi scontri all'esterno della città proseguirete all'interno di un centro commerciale provvisto di diversi uffici. Nel proseguire dovrete necessariamente affrontare un gruppo di nemici composto da due Gekko (i nemici grossi con delle grandi gambe) e un buon numero di Tripods. Dopo averli sconfitti, per proseguire dovreste andare a destra verso un ascensore nei corridoi successivi; potete però anche andare a sinistra, e se fate ciò troverete il terzo soldato nascosto nella scatola.
File R-04
Verso la seconda metà di questa missione vi ritroverete a bordo di alcuni ascensori/piattaforme dove ci saranno quattro combattimenti consecutivi, tutti inevitabili. Dopo l'ultimo di questi scontri sarete finalmente arrivati al piano desiderato. Prima di proseguire a sinistra, salite sui container posti giusto davanti alla piattaforma/ascensore che vi ha portato fin su. Nel muro in cima al secondo container troverete una fessura; usate la Ninja-Run per scivolare attraverso questa fessura e raggiungere una stanza segreta. Proprio in questa stanza, a terra dietro a un altro container, c'è un'altra scatola di cartone con all'interno un soldato. Notate che per uscire da questa stanza dovrete salire su altri container (sulla sinistra) e scivolare attraverso un'altra fessura; la fessura dalla quale venivate è troppo in alto per poter tornare sui vostri passi.
File R-05
Non ci sono soldati in scatola in questo File.
File R-06
Non ci sono oggetti collezionabili in questo File.
File R-07
Fatevi strada attraverso l'hangar, e raggiungete l'area dopo di esso. Proprio prima di ricongiungervi con Wolf (facendo quindi scattare alcune cutscenes che vi porteranno ai boss finali), controllate in fondo alla strata per trovare alcuni container. In mezzo ad essi troverete l'ultimo soldato in scatola!