Mentre Solidus Snake cerca l’elenco dei Patriots all’interno di GW, si imbatte nei dati sul progetto S3 e scopre che si tratta della “Simulazione Solid Snake”, un programma di addestramento ideato dai Patriots per creare il soldato perfetto. Questi dati, tuttavia, contengono informazioni false: il vero scopo del Progetto S3 è la “Selezione per la sanità sociale”.