Il virus FOXDIE dopo la mutazione avvenuta nel corpo di Solid Snake. Il programma di identificazione genetica negli enzimi identificatori che miravano solo a geni specifici è stato distrutto da un’improvvisa mutazione. Ora il virus colpisce tutti in maniera indiscriminata.

FOXDIE si è mantenuto attivo per lungo tempo nel corpo di Solid Snake con l’aiuto delle nanomacchine, anche se in quanto clone Snake mostra segni di invecchiamento accelerato. Ciò ha portato a un’improvvisa mutazione del virus FOXDIE creando il FOXDIE mutato.