Nel 1970, sei anni dopo la Missione Virtuosa e l'Operazione Snake Eater, il governo americano comincia a costruire il Metal Gear dai disegni tecnici dello scienziato sovietico Aleksandr Leonovitch Granin. Gli stessiprogetti che il Maggiore Ocelot portò alla CIA dalla sua precedente missione durante l'Operazione Snake Eater. Durante il suo trasporto per alcuni test, il Metal Gear viene rubato da alcuni membri dell'Unità FOX che dovevano proteggerlo. Si pensa che il Maggiore Zero e Big Boss siano responsabili e vengono accusati di tradimento. Zero è arrestato dal Pentagono. Comunque, sembra che i membri dell'Unità FOX che hanno rubato il Metal Gear non siano sotto gli ordini di Zero ma che abbiano in realtà rotto il loro allineamento con la CIA e che siano diventati dei disertori. Il Metal Gear viene spostato a San Hieronymo in Colombia.

Big Boss, ritirato dall'Unità FOX, viene rapito ed è ora rinchiuso in una cella a San Hieronymo dov'è interrogato dal Luogotenente Cunningham, conosciuto anche come Boa, un altro membro ribelle dell'Unità FOXora in rovina e sotto l controllo di Gene, conosciuto anche come Viper, che vuole creare una nazione indipendente di soldati, lontana dal controllo dei politici. Per sostenere questa causa, egli ricatta gli USA e l'URSS con la possibilità di un attacco nucleare. Crede anche che Big Boss sappia dove si trovi l'altra metà dell'Eredità dei Filosofi ed è per questo che Snake si trova in una delle sue prigioni.

Lì, Big Boss incontra Roy Campbell, l'ultimo sopravvissuto di un'unità di Berretti Verdi che era stata inviata dopo gli ultimi eventi riguardanti il Metal Gear. Big Boss scappa di prigione ed è subito aiutato da Sigint e Para-Medic via radio, proprio come sei anni prima. Big Boss aiuta poi Roy Campbell a fuggire dalla propria cella. Essi fuggono insieme e decidono di interferire coi piani di Gene liberando i soldati che sono sotto il suo controllo. Per farlo, reclutano soldati sovietici disillusi in loco e iniziano a formare un esercito.

In seguito, Big Boss incontra Elisa, un medico dell'Unità FOX. Lei lo aiuta a nascondersi dagli altri soldati, dopo che lui aveva raggiunto il suo laboratorio, visto che si rivela essere contro il piano di Gene di lanciare testate atomiche. Poi parla di Ursula, la sua sorella gemella, e spiega di come Gene le aveva salvate alcuni anni prima da un laboratorio dov'erano vittime di esperimenti. Esse erano state rinchiuse nel laboratorio per i poteri telecinetici acquisiti dopo essere state sposte alle radiazioni durante un'esplosione nucleare.

Dice anche a Big Boss che si sta prendendo cura del Soldato Perfetto, un risultato del "Progetto Soldato Perfetto" condotto dalla CIA (e dai Filosofi). Quest'uomo è stato condizionato per essere privo di emozioni o memoria. Rimangono solo le sue abilità di soldato ed ha solo uno scopo: completare la missione. Qualsiasi missione. Il suo nome è Null.

Big Boss viene in seguito aiutato via radio da un uomo misterioso, chiamato Prividyenie, parola russa per Ghost, fantasma, che gli darà preziose informazioni riguardo il Metal Gear.

Big Boss incontra poi un vecchio amico, Python, col quale ha combattuto durante la guerra del Vietnam. Snake pensava che fosse morto e lo ha abbandonato durante una missione. Giustificando la sua sete di vendetta, Python spiega che, dopo essere stato abbandonato, è stato salvato ed addestrato dalla CIA per prevenire un potenziale tradimento di Big Boss. Dopo una lotta tra i due e la sua sconfitta, Python decide di unirsi alla causa di Big Boss. In seguito, Big Boss incontra Null. Dopo aver lottato, Snake riconosce e ricorda quel soldato. Il suo tentativo di dirglielo comincia a risvegliare alcune memorie di Null ma Cunningham interviene prima che egli possa ricordare tutto e cattura Big Boss nuovamente.

Durante la prigionia, Gene spiega che egli proviene dal "Progetto Successore", un esperimento top secret condotto dal governo USA il cui scopo era di creare il comandante militare definitivo. Questo comandante avrebbe avuto le abilità per condurre una guerra, l'attitudine alla strategia, la resistenza per tornare vivo dalla battaglia e il carisma per sopraffare e controllare l'animo dei soldati. Tutto ciò doveva essere basato su The Boss. Gene spiega anche qual è lo scopo della sua missione: rubare il Metal Gear alla CIA per consegnarlo all'Unione Sovietica. Ciò avrebbe fatto continuare la Guerra Fredda più a lungo e mantenuto l'equilibrio di potere. Ma qualcun altro è dietro a questo ed una telefonata di Ocelot poi lo proverà.

In seguito, Elisa visita Big Boss per portargli del cibo e informazioni sull'avanzamento del piano di Gene. Comunicando con la telepatia, gli dice che lei fa tutto ciò perché ha visto lui distruggere il Metal Gear in una visione.

Alcuni dei soldati salvati da Big Boss arrivano, lo aiutano a scappare dalla prigione e si dirigono al deposito del Metal Gear. La missione è ora quella di distruggere le testate nucleari della macchina. Tuttavia essi vengono fermati da Cunningham che chiede nuovamente a Snake dell'Eredità dei Filosofi. Elisa interviene per salvare Big Boss e i suoi uomini, e se ne vanno per unirsi a Roy Campbell.

Elisa e Big Boss si dirigono verso la posizione del Metal Gear, ma quando arrivano sono fermati da Gene, che evoca Ursula. Lei non è altro che Elisa, la cui personalità è stata divisa in due in seguito ad alcuni esperimenti. Queste personalità hanno sviluppato poteri ed ideali diversi: Elisa è dalla parte di Big Boss mentre Ursula supporta Gene.

Ursula prende il controllo del Metal Gear ma viene sconfitta da Big Boss e la macchina esplode con lei all'interno. Il Metal Gear è distrutto ma un uomo appare dal nulla e dice che quello era solo il Metal Gear RAXA. Quest'uomo risulta essere Sokolov, lo scienziato russo che aveva progettato lo Shagohod sei anni prima, lo stesso scienziato che Big Boss, che all'epoca era conosciuto come Naked Snake, aveva salvato durante l'Operazione Snake Eater. Metal Gear RAXA è solo un prototipo, creato per fare alcuni test di funzionamento, e non il vero Metal Gear, conosciuto come ICBMG (Intercontinental Ballistic Metal Gear). Sokolov spiega anche che, essendo stato salvato da Gene da un carcere russo dopo essere stato accusato di tradire la propria nazione, egli lo ha aiutato a completare i due modelli di Metal Gear. Ma, venendo a conoscenza che Gene voleva usarli per lanciare un missile contro la Russia, la sua patria, Sokolov, come Prividyenie, ha deciso di aiutare Big Boss fornendogli importanti informazioni sul Metal Gear.

Col Metal Gear RAXA distrutto, Gene, grazie alle sue "abilità", confonde i propri soldati e li fa uccidere a vicenda. Egli fa ciò per liberarsi di loro e cogliere l'occasione per fuggire e raggiungere l'ICBMG. Big Boss insegue Gene ma si ferma quando vede Null uccidere dei soldati. Era impazzito a causa della sua ossessione di uccidere l'unico uomo che continua ad impedirgli di completare la missione: Big Boss. Affrontandolo di nuovo, Snake ricorda di averlo conosciuto sul campo di battaglia quattro anni prima quando Null era ancora un giovane soldato. Big Boss si rende conto che Null non è altri che Frank Jaeger, conosiuto in futuro come Gray Fox. Egli non oteva ricordarsi di Big Boss a causa degli esperimenti effettuati su di lui. Snake cerca di dirglielo con la speranza che lui si ricordi. Dopo la lotta, Null recupera alcune memorie e si unisce all'esercito di Big Boss.

Big Boss arriva poi al silo sulla cui sommità è sospeso l'ICBMG e si dirige verso l'ascensore. Ha intenzione di fermare Gene, che è sul punto di scatenare un attacco nucleare. È a questo punto che Cunningham arriva su una macchina volante. Prima del combattimento, Cunnningham rivela chi lui sia veramente: lavora per il Pentagono, che si sentiva minacciato dalla crescente influenza che la CIA stava ottenendo grazie ai recenti eventi [missioni segrete durante la guerra del Vietnam, la Baia dei Porci...]. Il Pentagono aveva chiesto a Gene di rubare il Metal Gear prima che la CIA lo potesse dare all'URSS. Invece, il Pentagono vuole che Gene lanci una testata atomica contro l'Unione Sovietica, cosa che per la CIA sarebbe tremenda e permetterebbe al Pentagono di ritornare a prendere decisioni strategiche per gli USA.

Cunningham prova a convincere Big Boss ad unirsi alla sua parte e a tradire la CIA, che ha lasciato morire il suo mentore The Boss sei anni prima, ma Big Boss rinuncia e la battaglia comincia. Snake sconfigge Cunningham e si dirige alla sala di controllo dei Metal Gear.

Gene sta aspettando Big Boss. Così come Gene ha fatto in precedenza, Gene rivela i suoi veri piani: non gli importa della questione tra CIA e Pentagono e invece di lanciare un missile contro l'URSS, egli vuole lanciarla contro entrambe le organizzazioni per liberare il mondo dall'influenza dei Filosofi. Il suo scopo è quello di creare una nuova nazione di soldati, Army's Heaven, e unire il mondo per esaudire il desiderio di The Boss, che consisteva nell'eliminare le divisioni del mondo. Dice anche a Big Boss the tutti gli eventi della Missione Virtuosa e dell'Operazione Snake Eater erano stati programmati da un singolo uomo dietro le quinte negli Stati Uniti. Parla di come The Boss fosse stata in realtà uccisa come pianificato dopo il lancio di una testata da Volgin, cosa che era stata programmata fin dall'inizio. Nonostante l'aver rivelato tutto, Gene non dirà a Big Boss chi sia l'uomo dietro a tutto. Gene poi chiede a Big Boss di unirsi a lui, ma l'invito viene rifiutato.

Appena Gene preme il pulsante per lanciare i missili, Ursula [o si tratta di...?] rompe la finestra del pannello di comando per cercare di impedire il piano di Gene ma viene uccisa da lui immediatamente, poiché il suo potere non è abbastanza forte da sconfiggerlo. Col suo ultimo respiro, chiede a Big Boss di fermare Gene e rivela alcune delle sue visioni: lo ha visto distruggere un Metal Gear ma costruirne un altro. Prima di morire tra le sue braccia gli dice anche che i suoi figli, che chiama "Les Enfants Terribles", fra di loro, distruggeranno e salveranno il mondo.

Big Boss alla fine sconfigge Gene dopo una dura battaglia. Gene ammette che nonostante le sue abilità modellate su quelle di The Boss, Big Boss è in realtà il vero successore di lei. Gene gli dà un microfilm con tutte le informazioni riguardanti Army's Heaven, inclusi l'equipaggiamento, il personale e i fondi. È sicuro che Big Boss ne avrà presto bisogno e ne sarà grato perché, secondo lui, non sono così diversi.

Con Gene fuori dalle scene, Big Boss deve ancora distruggere l'ICBMG. Egli spara un razzo al Metal gear ma nn è abbastanza. Il suo esercito si unisce a lui nello sparare al Metal Gear. Big Boss rischia la vita sparando un altro razzo ed è spinto via dal motore del Metal Gear. I suoi soldati poi riescono a danneggiarlo abbastanza da fargli perdere la traiettoria una volta fuori dall'atmosfera.

Allo stesso tempo, Ocelot è nel quartier generale della CIA. Incontra il Direttore che sta andando a nascondersi dal missile del Metal Gear. Sta anche progettando di nascondere una valigetta che contiene le identità di tutti i Filosofi e metà della loro Eredità, con l'altra metà appartenente a Ocelot. Quest'ultimo poi uccide il Direttore e prende la valigetta. Ora egli possiede l'intera Eredità e può liberarsi di tutti i Filosofi per creare una nuova organizzazione che "porterà avanti lo spirito dei veri patrioti".

Big Boss è accolto come un eroe e si rende conto di dover tramamdare ciò che ha imparato dalle sue esperienze. Ocelot riceve poi una telefonata dall'uomo dietro l'operazione che ha controllato tutto, dall'Operazione Snake Eater alla manipolazione di Gene, in modo da recuperare l'eredità e constuire una nuova organizzazione come i Filosofi. Il progetto "Les Enfants Terribles" viene nominato e Ocelot accetta l'invito ad unirsi alla nuova organizzazione ad una condizione: anche Big Boss deve unirsi.

Un nuovo gruppo elitario di persone con la capacità di governare il mondo in segreto e realizzare l'ideologia di The Boss è nato. Loro sono i Patriots.

scritto da KONAMI, adattato e corretto da Francesco "Zadornov" Simionato