Geni che presiedono alla creazione del soldato perfetto, individuato nel corpo di Big Boss. Includono più di 60 tipi di geni, tra cui i geni che regolano il cosiddetto istinto omicida. Gruppi di esperti del settore militare-industriale statunitense avevano previsto che i geni soldato avrebbero avuto un potenziale militare superiore a quello delle armi di distruzione di massa. Innestando questo tipo di geni nei soldati, speravano di creare l'unità più potente del mondo.