In previsione dell’eventuale ribellione del leggendario eroe Naked Snake, la CIA addestra dei soldati anti-Snake, scegliendo come modello di riferimento Python, il vecchio commilitone di Naked Snake. Il legame psicologico di Python con Snake, le sue straordinarie capacità di combattente e la speciale tuta che indossa e lo rende immune al CQC, lo rendono il modello ideale di soldato anti-Snake.